Los cálculos del Índice de Ecoeficiencia de Baleària (IEB) realizados en 2012 aesgura que los ferries de última generación que incorporó la naviera entre 2009 y 2010, el Martín Soler, el Abel Matutes, el Alhucemas y el Passió per Formentera, son alrededor de cinco veces más eficientes que el resto de la flota de la naviera.

El índice de ecoeficiencia de la compañía relaciona las emisiones de gases de efecto invernadero con la ocupación real de pasaje, coche y carga por milla. De esta forma, en 2012 el IEB se situó como media en toda la flota en 0,34 kg CO2 /t milla, siendo en el caso de los ferries de última generación cinco veces inferior al resto de la flota. Las emisiones medias por pasajeros fuerons de 0,034 kg, mientras que las emisiones medias por metro lineal de carga se situaron en 0,68.

La sostenibilidad del transporte marítimo es muy superior al aéreo. Por ejemplo, comparando las emisiones en la ruta Valencia Valencia la media de emisiones de un avión es de 80 kg de CO2, mientras que el fast ferry García Lorca emite 15,87 y el Abel Matutes sólo 1,45 kg.

Para mejorar estos resultados, la naviera está trabajando en varios programas, entre los que se encuentra el camio de motores de algunos de sus buques para que usen gas natural licuado como combustible.