AGUNSA fue fundada el 11 de julio de 1960, iniciando sus actividades como agente portuario en los puertos de la zona central de Chile, orientado básicamente a la atención de naves de la empresa Naviera CCNI.

Con el correr de los años AGUNSA fue expandiendo sus actividades al resto del país aumentando su cobertura de servicios a depósitos de contenedores, servicios de lancha de prácticos, transporte terrestre y logística en todas sus formas y todos los medios, lo que también posteriormente se hizo extensivo en el exterior, estando presente hoy día en 17 países.

Cabe destacar finalmente que AGUNSA también es un actor importante en la concesión, operación y administración de puertos y aeropuertos tanto en Chile como en el exterior.