La APA ha creado la Unidad de Medio Ambiente, que persigue distintos objetivos , entre ellos la reducción de la contaminación atmosférica en el entorno portuario; la racionalización en el consumo de los recursos empleados en las actividades portuarias; mantener en buen estado las aguas del puerto; gestionar correctamente los residuos que se producen en el recinto portuario y fomentar el reciclaje y proponer actuaciones y medidas correctoras para atenuar los posibles impactos al medio ambiente.

La Autoridad Portuaria ha realizado distintas publicaciones para promover la gestión medioambiental como el Manual de Buenas Prácticas Ambientales, tras el análisis de todas las actividades que se dan en el Puerto de Alicante, se ha desarrollado un Manual de Buenas Prácticas con el que se pretende dotar a cualquier persona que desarrolle su actividad en el puerto de una herramienta que le permita realizar su labor de la forma más respetuosa con el entorno.

Otra de las publicaciones es la Memoria Medioambiental, que es un documento en el que se muestran las actuaciones emprendidas en el Puerto de Alicante encaminadas al respeto por el entorno y a la búsqueda de un crecimiento sostenible.

Por otro lado la APA publicó el Diagnóstico Ambiental, para ello, durante 2005 y 2006 la Autoridad Portuaria, junto con FEPORTS (Fundación Instituto Portuario de Estudios y Cooperación de la Comunidad Valenciana), desarrollaron un diagnóstico ambiental de todo el puerto en el que se analizan todos los aspectos e impactos que se dan. Con los resultados del diagnóstico se ha concretado un Plan Ambiental en el que se exponen las actuaciones ambientales a emprender hasta 2010.