Esta agencia se encargará de la acreditación y evaluación de las instituciones universitarias y del profesorado, así como de la evaluación de programas tecnológicos, empresariales, de investigación y desarrollo y de la prospectiva y análisis de las nuevas demandas tecnológicas, científicas y universitarias de utilidad para la Comunidad Valenciana.

La Agencia promoverá también el establecimiento de cauces de financiación con el Instituto Valenciano de Finanzas, así como con otras instituciones públicas o privadas, pudiendo formalizar los oportunos convenios o acuerdos de cooperación. Asimismo, constituirá y participará en sociedades mercantiles y entidades sin ánimo de lucro cuyo objetivo esté relacionado con los fines de la Agencia, sean públicas o privadas.

Los órganos rectores de la Agencia serán el presidente, órgano que ocupará el conseller de Empresa, Universidad y Ciencia; el Comité de Dirección y el director general.